Transseksuaalit ovat saaneet osakseen pitkälti samansuuntaista kohtelua eurooppalaisten instituutioiden taholta kuin homoseksuaalitkin. Henkilö, joka haluaa viranomaisten tunnustavan sukupuolensa korjaamisen lääketieteellisesti ja laillisesti, joutuu kohtaamaan joukon vaihtelevia käytäntöjä eri maissa. Yleensä transseksuaalisuus luetaan pääsääntöisesti henkilön yksityisasiaksi, ja virallisesti muuttunut sukupuoli ei vielä kaikissa maissa oikeuta perheoikeuksiin, kuten avioliiton solmimiseen.

Helpointa sukupuolen virallinen muuttaminen on ollut Ruotsissa, jonka tässä suhteessa vapaamielinen lainsäädäntö on peräisin jo vuodelta 1972. Muun muassa Hollannissa, Saksassa, Italiassa, Virossa ja Turkissa transseksuaaleille on vuosien mittaan taattu lainsäädännön tasolla oikeus viralliseen sukupuolenmuutokseen. Joissakin maissa, mm. Espanjassa ja Isossa-Britanniassa, viranomaiset ovat kuitenkin vastustaneet hyvin sitkeästi tämänsuuntaisia lainmuutoksia.

Euroopan ihmisoikeustoimikunta on vuodesta 1979 lähtien saanut käsiteltäväkseen joukon transseksuaalien vetoomuksia. Ensimmäinen, belgialaisen Oosterwijkin tapaus hylättiin koska sitä ei oltu käsitelty loppuun Belgian oikeusasteissa. Kaksi seuraavaa vetoomusta koskivat Ison-Britannian lakikäytäntöä. Molemmat hylättiin lähinnä sillä perusteella, että Ison-Britannian henkilörekisteri ei sisällä sukupuolitunnisteita, ja ettei maan laki salli syntymätodistuksiin jälkikäteen tehtäviä muutoksia. Näistä ensimmäisessä, Reesin tapauksessa (1986) ihmisoikeustuomioistuin hylkäsi lisäksi valituksen avioliitto-oikeuden epäämisestä. Vuonna 1990 Cosseyn tapauksessa antamassaan kielteisessä päätöksessä ihmisoikeustuomioistuin mainitsi, kiintoisaa kylläkin, Euroopan Parlamentin suositukset transseksuaalien oikeuksista ja että tuleva lakikäytäntö saattaisi riippua 'tieteellisestä ja yhteiskunnallisesta kehityksestä'.

Vuonna 1992 ranskalainen transseksuaali A. Botella voitti kymmenen vuotta kestäneen oikeustaistelunsa, kun Euroopan ihmisoikeustuomioistuin kumosi Ranskan korkeimman oikeuden päätöksen, joka oli evännyt häneltä oikeuden sukupuolenvaihdoksensa virallistamiseen. Tuomioistuin vetosi siihen, että Ranskan henkilörekisteri määrittelee erikseen sukupuolen, ja että syntymätodistus on jälkikäteen muutettavissa. Näin ollen päätöstä ei automaattisesti voitaisi soveltaa Reesin ja Cosseyn kaltaisissa tapauksissa. Joka tapauksessa se pakottaa Ranskan muuttamaan transseksuaaleja koskevaa lainsäädäntöään.

Eurooppalaisten menettelytapojen erot johtavat surkuhupaisiin tilanteisiin. Suomalainen transseksuaali voi kyllä virallisesti vaihtaa sukupuoltaan, mutta viranomaiset ovat tehneet prosessin erittäin vaikeaksi. Kastraatiolaki tekee sukupuolenvaihdosleikkaukseen pääsyn ja sitä myötä virallisen sukupuolenmuutoksen lähes mahdottomaksi, ja virallista sukupuolenmuutosta havitteleva transseksuaali joutuukin hakeutumaan paksun rahatukun kanssa Englantiin, missä leikkauksia kyllä tehdään, vaikka siellä leikattujen englantilaisten transseksuaalien sukupuolen muuttumista ei virallisesti tunnusteta lainkaan.

EU:n elimet joutuvatkin ehkä ajan mittaan ratkomaan mielenkiintoisia tapauksia, kun ihmiset, joiden virallinen sukupuoli saattaa vaihdella maasta toiseen, hakeutuvat parisuhteisiin ja liikkuvat muun eurooppalaisen työvoiman mukana.